การแพ้อาหารเป็นกลไกอย่างหนึ่งของระบบภูมิต้านทาน โดยปฏิกิริยาที่มีต่ออาหารที่แพ้นั้นเกิดได้ 3 รูปแบบ ดังนี้
1. การย่อยอาหารบางชนิดไม่ได้ (Food Intolerance)
เช่น ย่อยนมไม่ได้ ถ้ารับประทานแล้วจะเกิดอาการท้องอืด ปวดท้อง ท้องเสีย การตรวจดูได้จากปฏิกิริยาที่เกิดหลังรับประทานอาหาร ไม่มี Test ตรวจ
2. การแพ้อาหารแบบเฉียบพลัน (Food Allergy)
เกิดหลังจากรับประทานอาหารชนิดใดชนิดหนึ่งแล้วร่างกายเข้าใจผิดคิดว่าเป็นสิ่งแปลกปลอม จึงสร้างภูมิต้านทานชนิด อี (Immunoglobulin E: IgE) ออกมา และจะแสดงปฏิกิริยาเมื่อมีการรับประทานอาหารชนิดนั้นเข้าไปอีกครั้ง โดยอาหารนั้นจะไปกระตุ้น IgE ให้หลั่งสารเคมี เช่น ฮีสตามีน ที่ทำให้เกิดอาการแพ้แสดงออกมาในส่วนต่างๆ ของร่างกาย ความสามารถในการสร้างแอนติบอดี้ชนิด IgE นั้น อาจเกิดจากสาเหตุดังนี้ 1. สาเหตุจากพันธุกรรม 2. ปัจจัยทางสรีระและสุขภาพในขณะที่รับประทานอาหารชนิดนั้น นอกจากนี้ ยังอาจเกิดจากการออกกำลังกายหลังจากเพิ่งรับประทานอาหาร เพราะร่างกายจะถูกกระตุ้นมากขึ้นจากการออกกำลังกาย ดังนั้น ควรเว้นระยะห่างระหว่างการรับประทานอาหารและการออกกำลังกายอย่างน้อย 2 ชั่วโมง
ผู้ที่มีการแพ้แบบเฉียบพลันมักมีอาการมาตั้งแต่เด็กๆ อาการเกิดขึ้นรวดเร็วภายใน 30 นาที – 1 ชั่วโมงหลังจากรับประทานอาหาร และอาจรุนแรงถึงชีวิต การแพ้จะเกิดขึ้นได้ตลอดชีวิตเมื่อรับประทานอาหารที่แพ้ อาหารที่พบบ่อยว่าทำให้เกิดอาการแพ้อย่างเฉียบพลัน เช่น อาหารทะเล นม และถั่ว เป็นต้น หลังรับประทานไปแล้วอาจจะเกิดอาการตาบวม ปากบวม คันคอ ปากและจมูก ผื่นลมพิษพุพอง หลอดลมตีบ ไอ แน่นหน้าอก หายใจไม่ออก คลื่นไส้ ปวดท้อง อาเจียน หมดสติ เป็นต้น หากพบผู้เกิดอาการเช่นนี้ ให้รีบนำส่งโรงพยาบาลทันทีเพราะอาจเกิดอาการรุนแรงถึงขั้นเสียชีวิตได้ การตรวจใช้วิธีนำสารที่สงสัยว่าจะแพ้สะกิดผิวหนัง (Pin Prick Test) หรือการเจาะเลือดเพื่อนำไปตรวจภูมิแพ้ที่เกิดจากแอนติบอดี้ชนิด IgE ต่ออาหารที่สงสัย
3. เกิดจากการแพ้อาหารแฝง (Delayed Food Sensitivity หรือ IgG Food Sensitivity)
อย่างไรก็ดี คนส่วนใหญ่ชินกับการเรียกการแพ้อาหารแฝงนี้ว่า Food Intolerance การแพ้อาหารแฝงชนิดนี้เพิ่งจะมาพบมากในปัจจุบันที่มีอุตสาหกรรมอาหารแปรรูปมากขึ้นร่วมกับมลพิษต่างๆ ที่เรารับเข้ามาจากทางเดินอาหาร ผนังทางเดินอาหารที่อ่อนแอของคนในยุคปัจจุบันทำให้โปรตีนที่ย่อยไม่สมบูรณ์กลายเป็นสิ่งแปลกปลอมในร่างกาย ซึ่งกระตุ้นภูมิคุ้มกันให้สร้างแอนติบอดี้ IgG พร้อมกับคอมพลิเมนต์ (Complement C3) หากรับประทานอาหารนั้นเป็นประจำจะเกิดการสะสมของสารเชิงซ้อนทางอิมมูน (Immune Complex) ไปสะสมตามอวัยวะต่างๆ ก่อให้เกิดการอักเสบและความผิดปกติที่อวัยวะนั้นๆ ซึ่งกระบวนการอาจจะใช้เวลาตั้งแต่ 4-72 ชั่วโมง จึงเป็นที่มาของคำว่า “แฝง” หรือ “hidden” หรือ “delayed”